La importancia de las cuencas hidrográficas radica en su función de proveer bienes y servicios ambientales, contener las fuentes que proporcionan agua dulce a todos los seres vivos y albergar ecosistemas y especies de importancia para la conservación de la biodiversidad. Se trata de unidades geográficas con una alta diversidad biológica tanto de plantas como de animales, con importantes lugares para la reproducción de peces, anfibios, aves, mamíferos, insectos y otros animales. Además, dependiendo de su buena gestión ofrece protección frente a algunas amenazas naturales, como inundaciones y procesos erosivos, entre otras. Constituyen un recurso fundamental para el mantenimiento de la calidad del agua y como posible fuente de energía en el caso de embalses o represas.

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Estos ecosistemas son muy sensibles a la contaminación y a la erosión, generalmente ligada a la deforestación o a la conversión de áreas para el pastoreo de ganado, y al tratarse de zonas de gran importancia en cuanto a recursos naturales, su correcta gestión y protección son fundamentales para la conservación y el mantenimiento de su esencial valor en el desarrollo de las comunidades humanas, asegurando la continuidad saludable de los servicios ecosistémicos que obtenemos de ellas.

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La Asociación Chelonia ha participado en proyectos relacionados con el ordenamiento y gestión de cuencas hidrográficas, así como en la gestión de ecosistemas de humedales, promoviendo la conservación de los servicios ambientales que proveen y considerando los equilibrios entre las relaciones socioeconómicas, culturales y ambientales y la participación de los distintos actores que intervienen en su gestión y mantenimiento. La combinación de acciones de protección y actividades socioeconómicas sustentables es fundamental para el desarrollo de las comunidades cercanas y la mejor gestión de los recursos que contienen.